Ausgangspunkt der Gründung einer Akademie ist die Tatsache, dass Transplantationsmedizin nicht nur Krankenversorgung und gezielte medizinisch-klinische Forschung beinhaltet, sondern darüber hinaus - insbesondere z.B. im Hinblick auf die Organspendeproblematik und die Notwendigkeit von begleitender Grundlagenforschung - höchste Interdisziplinärst innerhalb und außerhalb der medizinischen Fakultät umfasst und damit globale universitäre Ansprüche reklamiert. Die Existenz eines deutschen Transplantationsgesetzes unterstreicht diese Forderung.

Aber auch außerhalb des engeren transplantationsmedizinischen Umfeldes sehen sich Transplantationsmediziner bzw. Personen aus anderen Disziplinen, die sich mit Problemen der Transplantationsmedizin befassen, derzeit stetig mit kontroversen Strömungen in Teilen der Ärzteschaft, in anderen Organisationen, ja in der Gesellschaft konfrontiert, von denen sie herausgefordert werden und gegen die sie gegebenenfalls gezielt ankämpfen müssen. So kommt es nicht von ungefähr, dass die Stellung der Transplantationsmediziner innerhalb unserer heutigen modernen Gesellschaft ambivalent ist und von größter Bewunderung bis hin zur tiefen Verachtung reicht.

Der Hirntod als Todeskriterium, das Für und Wider bei der nichtverwandten Lebendspende - als Beispiele vor kurzem diskutierter Probleme - sowie die Verwendung von Tierorganen von gezüchteten oder gar geklonten Spendernieren - als Beispiel zukünftiger Probleme - müssen einmal im Hinblick auf die optimale Behandlung des einzelnen Patienten, zum anderen im Hinblick auf ihre Rechtfertigung gegenüber der Gesellschaft abgehandelt werden.
Vor diesem Hintergrund versteht sich die Akademie als integrative Vordenker-Institution, die u. U. konträr zum modernen Wissenschaftsbetrieb und zu gegenwärtigen gesundheitspolitischen Entscheidungen steht. Ihr Ziel ist es somit, eine Gesamtschau transplantologischer Wissenschaften zu fördern und dabei die isolierten Einzeldisziplinen zu überwinden, die oft zu wenig kommunizierend und manchmal verständnislos parallel nebeneinander leben und daher zuweilen sogar polarisierend wirken, z. B. wenn es um unter Umständen berechtigte Interessen verschiedener Transplantationszentren geht.

Mit dem Ziel des Erreichens höchster Qualitätsansprüche gilt es daher für die heute tätigen Transplantationsmediziner sowie für Personen aus anderen Disziplinen, die auf dem Gebiet der Organtransplantation arbeiten, das Universum der Transplantationsmedizin zu erfassen und es wirksam zu vernetzen.
Dies kann nur durch Etablierung benachbarter, jedoch unterschiedlicher Arbeitsgebiete (Sektionen) erreicht werden, die unter der "Schirmherrschaft" der Akademie gemeinsam abgehandelt werden.